MIMIC 医疗数据库下载权限申请:去哪找、怎么拿、有哪些坑
MIMIC 是什么,适不适合你用
MIMIC 是麻省理工团队建设的真实 ICU 电子病历数据库,目前最新版本为 MIMIC-IV v3.1,托管在 PhysioNet 平台上。数据以 CSV 表格的形式提供,可导入 PostgreSQL 等数据库使用。官方在 GitHub 上提供了建库脚本,同时在 Google BigQuery 上提供了云端版本,认证完成后可直接查询,无需自行搭建数据库。
最新版本以官方项目页为准:
MIMIC-IV v3.1 官方项目页(PhysioNet):https://physionet.org/content/mimiciv/3.1/
先用演示版试水,不要直接申请完整库
很多人一开始就直奔完整库,结果卡在三步认证流程里。官方其实提供了一条无需认证的试水路径:演示版(Demo)。
MIMIC-IV Clinical Database Demo v2.2(演示版):https://physionet.org/content/mimic-iv-demo/2.2/
- 100 个患者的子集,公开开放,无需认证即可下载
- 注意:不含自由文本病历笔记
- 建议:先下载演示版,确认数据类型是否符合你的需求。如果连演示版都不合用,就没有必要再投入精力申请完整库。
正式申请的三个环节,缺一不可
如果演示版确认可用,就可以进入正式申请。官方目前采用三步流程(https://physionet.org/news/post/395/):
第一步:实名认证(Credentialing)
在个人资料中填写实名信息,其中需要填写一位导师或同事的联系方式作为核验人。这位联系人会收到一封核验邮件,需要其点击确认。
这是最容易卡住的环节。 没有挂靠单位、缺少学术圈联系人的申请者,往往要花较长时间才能找到合适的核验人。如果你没有可以提供核验的学术联系人,这一步会非常困难。
第二步:伦理培训(Training)
即 CITI 培训,具体操作可参考说明页(https://physionet.org/about/citi-course/):
- 选择 CITI Program 的 "Data or Specimens Only Research" 这门课程
- 非 MIT 人员同样可以报名:注册时机构选择 "Massachusetts Institute of Technology Affiliates"
- 提交时需要上传的是 training report(培训报告),而非 certificate(证书)——在 CITI 的 Records → View-Print-Share 中导出
第三步:签署数据使用协议(DUA)
在目标项目的 Files 区在线签署协议,签署完成后才会出现下载按钮。
此外,MIMIC-IV 有专门的必修培训要求(https://physionet.org/content/mimiciv/view-required-training/2.2/),申请前请一并查看。
云端版本更省事,但有两点需要注意
认证通过后,可以在 Google BigQuery 上直接查询数据(https://physionet.org/news/post/mimic-iv-v3-1-on-bigquery/),无需自行建库。但有两点需要注意:
- 需要你自己拥有一个已激活的 Google Cloud 项目,这对国内用户而言本身存在一定门槛
- 云端查询按量计费,费用由 Google 收取,而非 MIMIC。小规模查询费用较低,但频繁查询时账单会逐渐累积
本地建库的注意事项
官方提供了建库脚本(https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/main/mimic-iv/buildmimic/bigquery/README.md),可将 CSV 导入数据库,或在 BigQuery 中重建。但需要提醒的是,如果不熟悉数据库操作,这一步存在数据格式、表关联出错的风险,建议谨慎处理。
签署协议前必须了解的几条硬性限制
协议正文见此(https://physionet.org/content/mimiciii/view-dua/1.4/),其中有几条硬性规定必须了解:
- 禁止将数据分享给第三方——即使是团队内部同事,也需要各自单独申请,不能通过共享文件夹等方式共用
- 禁止通过 API 或在线服务对外传输——这一条需要特别注意:将数据直接提交给 GPT 等在线大模型属于违反协议的行为,从事 AI 研究的人尤其容易忽略这一点
- 禁止团队、课堂共用同一个账号——每位使用者必须各自申请
常见问题可查看(https://physionet.org/about/faqs/),具体以官方实时信息为准。
小结
MIMIC 的数据确实可以获取,申请认证、签署协议均不收费。但整个流程的信息分散在 PhysioNet 的多个英文页面、CITI 培训站点和 GitHub 脚本中,对不熟悉英文流程、缺少学术圈联系人的使用者来说,确实有一定难度。
如果你在核验人、云端与本地的选择、英文流程理解等环节遇到困难,可以考虑由 数聚天成 DeepSData 提供的数据可得性深度检索服务。具体做法是:你将所需数据和实际情况(是否有核验人、能否稳定访问、研究是否涉及在线大模型等)说明清楚,我们会把完整的获取路径和每一步的真实门槛梳理清楚,并如实告知:以你的情况,是否能够拿到、应当走哪条路径。
需要说明的是,该服务只代做深度可得性检索并如实反馈,不承诺一定命中,也不代为下载第三方原始数据。如果你正为这些英文页面、核验人或获取方式而困扰,欢迎与我们沟通了解。
参考来源
- https://physionet.org/content/mimiciv/3.1/
- https://physionet.org/content/mimiciv/view-license/3.1/
- https://physionet.org/news/post/395/
- https://physionet.org/about/citi-course/
- https://physionet.org/content/mimiciv/view-required-training/2.2/
- https://physionet.org/about/faqs/
- https://physionet.org/content/mimic-iv-demo/2.2/
- https://registry.opendata.aws/mimic-iv-demo/
- https://www.modelwhale.com/
- https://physionet.org/about/database/
